MRI软组织分辦率高，可以使肿瘤基质区分开，特别是对肿瘤组织在骨髓内浸润的敏感度及范围的确定优于X线和CT检查。MRI可以多平面成像显示细微的解剖结构、观察肿瘤与周围组织的关系及早期发现病变。但是MRI对骨质结构显示欠佳，尤其对钙化不敏感，常表示为低信号，且不易发现。而这些对骨肿瘤的鉴别诊断非常重要，肿瘤组织内有钙化要考虑是软骨来源的肿瘤如内生软骨瘤或软骨肉瘤，看到肿瘤骨则要考虑到骨来源的肿瘤如骨母细胞瘤或骨肉瘤。因此MRI怀疑骨肿瘤、判断骨骼的改变时，必须紧密结合X线和CT检查。X线可以较全面地观察骨肿瘤病变的特征，如病灶的生长方向、形态、骨膜反应等。CT可以显示病变的细微结构，鉴别良恶性，显示肿瘤范围及其内部结构、成分，特别是显示肿瘤对骨皮质的破坏及肿瘤基质的钙化、骨化。MRI结合X线或CT检查可以进一步明确肿瘤在髓腔和软组织的浸润范围及与周围的关系，清楚显示骨内外肿瘤，明确肿瘤的性质及部位。